W przypadku, gdy hipoteka przewyższa wartość nieruchomości, podatek od spadku i darowizn z tytułu nabycia nieruchomości w drodze darowizny będzie równy 0 zł, nawet jeśli darowizna miała miejsce między osobami, które nie są najbliżej spokrewnione (obcymi).
Zgodnie z ogólną zasadą podstawę opodatkowania w podatku od spadków i darowizn stanowi wartość nabytych rzeczy i praw majątkowych po potrąceniu długów i ciężarów (czysta wartość), ustalona według stanu rzeczy i praw majątkowych w dniu nabycia i cen rynkowych z dnia powstania obowiązku podatkowego (art. 7 ust. 1 ustawy o podatku od spadków i darowizn).
W każdym zatem przypadku nabycia nieruchomości, wartość od której płacimy podatek stanowi wartość nabytej nieruchomości po potrąceniu długów i ciężarów (czysta wartość).
Powyższe oznacza także, że jeżeli dany przepis prawa sytuuje dane prawo jako ciężar, to stanowić on będzie podstawę do potrącenia wartości tego ciężaru od wartości nabytej nieruchomości.
Za taki przepis należy uznać art. 65 ustawy o księgach wieczystych i hipotece. Wynika z niego, że "w celu zabezpieczenia oznaczonej wierzytelności można nieruchomość obciążyć prawem, na mocy którego wierzyciel może dochodzić zaspokojenia z nieruchomości bez względu na to, czyją stała się własnością, i z pierwszeństwem przed wierzycielami osobistymi właściciela nieruchomości (hipoteka)".
Dług zabezpieczony hipoteką na nieruchomości daje gwarancję wierzycielowi (bankowi) możliwości skutecznego dochodzenia spłaty, jeśli nie od dłużnika, to od nowego właściciela nieruchomości.
Skoro hipoteka to ciężar nieruchomości, o wartość tego ciężaru należy potrącić wartość nabytej nieruchomości, tak by ustalić podstawę opodatkowania jako wartość czystą.
Hipoteka, jako zabezpieczenie zaciągniętego kredytu bankowego, zasadniczo podlega stopniowej spłacie. Powstaje zatem pytanie, według jakiego stanu wartość hipoteki podlega potrąceniu od wartości nabytej nieruchomości. W tym zakresie organy podatkowe zajmują niejednoznaczne stanowiska.
W interpretacji indywidualnej z dnia 23 kwietnia 2010 r. (Nr PL/LM/834/2/BNJ/10/09/PK-1746) Minister Finansów przyznał, że wartość nieruchomości powinna być pomniejszona o kwotę wierzytelności zabezpieczonej hipoteką. Dla kwestii ustalenia podstawy opodatkowania nie ma natomiast znaczenia to, jaka kwota kredytu pozostała do spłacenia (całość, część lub został on całkowicie spłacony).
W konsekwencji Minister Finansów zajął więc stanowisko, że przy ustalaniu podstawy opodatkowania podatkiem od spadków i darowizn, wartość nieruchomości może być pomniejszona o faktyczną wartość zadłużenia z tytułu kredytu.
Taki pogląd podzielają sądy administracyjne. Decydujący jest dzień nabycia. Podstawę opodatkowania stanowi wartość nabytych rzeczy i praw majątkowych po potrąceniu długów i ciężarów (czysta wartość), ustalona według stanu rzeczy i praw majątkowych oraz cen rynkowych w dniu nabycia (tj. z dnia powstania obowiązku podatkowego). Zatem to dzień nabycia decyduje o wartości nabytych rzeczy i praw majątkowych po potrąceniu długów i ciężarów. Wartość czystą ustala się według stanu rzeczy i praw majątkowych z dnia nabycia.
Pojęcie "stan rzeczy i praw majątkowych" nie odnosi się do wartości długów i ciężarów z dnia nabycia, lecz do wartości nabytych rzeczy i praw majątkowych, które należy pomniejszyć o wartość długów i ciężarów. Zatem to globalna, całkowita, faktyczna wartość długów i ciężarów obniża wartość nabytej nieruchomości ustaloną w dniu nabycia.
Za takim poglądem przemawia także charakter podatku od spadku i darowizn. Podatek ten jest podatkiem od nieodpłatnego przyrostu majątku, a opodatkowaniu nim podlega w istocie wzbogacenie się nabywcy rzeczy i praw majątkowych (J. Głuchowski, Polskie prawo podatkowe, Warszawa 1998, s. 275; S. Babiarz /w:/ S. Babiarz, A. Mariański, W. Nykiel, Ustawa o podatki od spadków i darowizn. Komentarz, wstęp, uwaga nr 2, Lex/el. 2010).
Skoro opodatkowuje się podatkiem od spadków i darowizn, nieodpłatny przyrost majątku czy akt wzbogacenia, to nie budzi wątpliwości, że wartość całkowita hipoteki powinna pomniejszać wartość nabytej rzeczy i prawa majątkowego, oczywiście po uprzednim ustaleniu kwoty minimum podatkowego dla danej grupy podatkowej (zgodnie z art. 9 ust. 1 pkt 1-3 ustawy o podatku od spadków i darowizn).
Jeżeli nabywca jest zaliczony do III grupy podatkowej (osoby obce) wynosi ona 4,092 zł. Zatem w przypadku, gdy ciężarem obciążającym nabytą rzecz jest hipoteka, to całkowita wartość hipoteki powinna być odliczona od wartości nabytej rzeczy i prawa majątkowego.
Moment powstania obowiązku podatkowego przy nabyciu w drodze darowizny powstaje z chwilą złożenia przez darczyńcę oświadczenia w formie aktu notarialnego. Oznacza to, że wszelkie kalkulacje związane z wyznaczeniem wartości darowanej rzeczy bądź prawa majątkowego na potrzeby określenia podstawy do opodatkowania, powinny zostać przeprowadzone w dniu podpisania przez darczyńcę i obdarowanego aktu notarialnego darowizny nieruchomości.
Może zaistnieć sytuacja, w której wartość hipoteki (kwota kredytu i innych zobowiązań wobec banku) znacząco przewyższa wartość darownaej nieruchomości. Wtedy podatek od darowizny wyniesie 0 zł (zero złotych), z uwagi na mniejszą od zera wartość podstawy do opodatkowania, wynikającą z różnicy wartości rynkowej nieruchomości i ciążącym na tej nieruchomości ciężarze.